>>3様
当方も忍でスタイルシート（css）入りテンプレートを使わせていただいていますので微力ながらお力になれれば幸いです。

揚げ足を取るようで申し訳ないのですが、いくつか疑問に思った点を確認させていただきます。

>FFFTPにファイルをダウンロードした所
>FFFTPにファイルをアップロードする
テンプレートをタウンロードされたのはご自分のパソコンに、アップロードするのは忍サーバーに、ですよね？
FFFTPはパソコン⇔サーバーの間でデータをやり取りする為の転送用ツールですので…

>忍/者にアップされているindexにはURLがあるのですが、他のページはURLが作成されていません。
ファイルをアップすれば自動的にURLは決定されますよ。
例えばindex.htmlと同じ場所にtop.htmlをアップするとURLは
「http://取得したアドレス/top.html」
となります。
サーバーにフォルダを作成しその中にアップするならばURLは
「http://取得したアドレス/フォルダ名/top.html」
となります。

うまく飛ばない理由としては
・リンクタグでトップページのURLやファイル名を間違えている
・トップページをアップする先を間違えている
くらいしか思いつきませんが…