主人公・南光太郎（みなみ こうたろう）は日食の日に生まれた。幼くして両親を失った彼は、同じ日に生まれた父の友人・秋月総一郎教授の息子秋月信彦（あきづき のぶひこ）と兄弟同然に育てられた。光太郎と信彦が19歳の誕生日を迎えた日、2人は暗黒結社ゴルゴムによって誘拐されてしまう。ゴルゴムは2人を次期創世王候補とするため、光太郎の体内にキングストーン「太陽の石」を埋め込み世紀王ブラックサンに、信彦の体内にキングストーン「月の石」を埋め込み世紀王シャドームーンに改造する。

しかし、息子達から人としての記憶だけは消させまいと乱入した秋月教授の手引きによって、脳改造を受ける寸前に脱出した光太郎は、ゴルゴムが世紀王のために用意していたバイク形生命体・バトルホッパーを駆り、仮面ライダーBLACKを名乗ってゴルゴムと戦うことを決意する。

仮面ライダーBLACK＝南光太郎が暗黒結社ゴルゴムを滅ぼしてから半年が過ぎた。その戦いで心身共に傷ついた光太郎は、おじの佐原俊吉の元に身を寄せる。そして彼の航空会社でヘリコプターパイロットの職を得て平和な日々を過ごしていた。

ある日、彼は光を発する3本の不思議な杭を目撃。杭を設置する怪人の目撃情報を得て調査を行う途中、怪魔界から現れたクライシス帝国の前線基地であるクライシス要塞に拉致される。そこでクライシス軍司令官ジャーク将軍よりクライシス帝国の尖兵となり、地球の全人類を抹殺することを要求されるが、光太郎はこれを拒否する。ジャーク将軍は光太郎のBLACKへの変身機能を破壊した上で宇宙空間へと放逐するが、光太郎の命の源である「太陽の石」＝キングストーンが太陽光線を浴びて進化し、光太郎もまた仮面ライダーBLACK RXとして生まれ変わった。自らの体の変化に驚くRXの元にかつての相棒・バトルホッパーもアクロバッターとして生まれ変わって駆けつける。

かくして、太陽の子・仮面ライダーBLACK RXとクライシス帝国との戦いの火蓋は切って落とされた。