涙が出てしまう体質とのことですが……
ウォータープルーフのメイクが流れるほどというのは、ちょっと普通ではない気がします。
眼科などには罹ったことがありますか？
私自身の話ではないのですが、弟が涙が止まらず花粉症かと眼科に罹ったところ深刻な眼病になりかけていた……ということがありました。
幸い発見が早く完治しましたが、発見が遅ければ失明の危険もあったそうです。

すでに罹ったことがありましたらすみません。
もしないようでしたら、一度行ってみるのもいいと思います。