参考までに、SFC版での結果を…。
（以下、ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞの地下にある黄金の爪を A。ｺﾞｰﾙﾄﾞﾏﾝ等から入手した おうごんのつめ を Bとする)

1.Aを取らずに、Bを手に入れる……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、高くならない
2.Aを取って、ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部で Aを捨てる……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、元に戻る（黄金のﾂﾒは、棺に戻る)
3.Aを取って、ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部で Bを捨てる……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、元に戻る（黄金のﾂﾒは、棺に戻る)
4.Aを取って、ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞの外で Aを捨てる……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、高いまま
5.Aを取って、ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞの外で Bを捨てる……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、高いまま
6.Aを取って、Aを売却する……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、高いまま
7.Aを取って、Bを売却する……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、高いまま

8.Aを取って、ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部で全滅する……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、元に戻る（黄金のﾂﾒは、棺に戻る)
9.Aを取って、ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞの外で全滅する……ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞ内部での遭遇率は、高いまま（黄金のﾂﾒは、所持したまま)

以上から、

・棺に黄金のつめ が入っていれば、遭遇率は高くならない
・ﾋﾟﾗﾐｯﾄﾞの地下にある おうごんのﾂﾒと、それ以外の おうごんの爪の区別は無い
・遭遇率を元に戻せる可能性は、常にある

という感じですかねぇ。