エンターで

モーフィアスを追っているときにオペレーターのスパークスがプログレッシブユニット(？)と叫んでいたのですがこれは一体なんですか？

多分注射だと思います。エンターではナイオビが発電所から脱出する際にスパークスがナイオビに使ってフォーカス無限状態になりました。
あとリローデッドでトリニティが死ぬ場面でモーフィアスがトリニティに注射してるのも同じだと思います。