＞主人公以外が戦って倒すのはいいんですか？

はい。誰が倒しても大丈夫です。

例外とは、仲間にするための基本条件を満たしていない場合です。
・ﾓﾝｽﾀｰ爺さんの所に空きが無い
・すでに同じﾓﾝｽﾀｰを3匹仲間にしている
・仲間にならない場所で倒した場合
・仲間になるﾓﾝｽﾀｰが2種以上出現して、仲間にしたいﾓﾝｽﾀｰを その中で最後に倒さなかった時
は、裏技でも仲間になりません。