乗り物を取得したらまたラストダンジョンにいけます。

帝国地下の閉ざされた牢獄に出るのはボストロルです。ゼノンさんの言う通り、クリア後はツォでクエストを受け、箱舟を入手してから神のくにでセレシアに頼んでラスダンに行かせてもらいましょう