舞台メイクなどのメイク用品を扱っている三善につけぼくろ用のシャレナブラックというものがあります。
使った事がないので自然かどうかはわかりませんが、ほくろを描く用のものらしいです。
三善のサイトのおすすめ商品情報のとこにあります。
サイトはヤフーから「舞台メイク　三善」で出ます。
実店舗もあるようです。