離れた場所に住んでいて月１くらいしか会えなくても付き合っていけてる人はいるかもしれません。
ですが、彼氏さんは「月１しか会えないのは寂しいから別れたい」、「でも同棲もしたい（多分同棲すれば毎日一緒にいられるからかと）」と思っていて、スレ主様は「彼氏の事は好きだし、彼氏の事を思うと別れを躊躇っているけど同棲はしたくない」という考えの違いがあるので、そこのとこの考え（気持ち）が一致しないとこれからも付き合っていくのは難しいのでは
ないでしょうか？
失礼ですが、彼氏さんが性同一性障/害だから別れるのを躊躇っているというのはちょっとおかしいと思うのですが。
たとえ何らかの障/害があっても１人の人です。
同棲の事を彼氏さんに切り出されるのが不安なら今の状態のまま言われるのを待ってるより、スレ主様から同棲したいと思っている事を何となくわかってると言って、「性同一性障/害は関係なく、●●（彼氏さん）を１人の人として全く同棲は考えてない」とはっきり言った方がいいと思います。
それで彼氏さんが「じゃあ別れよう」とか言ってきたらそれは仕方ないと思います。
スレ主様がいくら彼氏さんの事を好きでも考え方が一致しないなら、これからもしょちゅう「別れよう」と言われながら付き合っていってそれで楽しいでしょうか？
彼氏さんだってそれでは嫌だと思います。
長くなってしまいましたが、そもそも彼氏さんを「長期展望型」、自分を「短気型」と思ってる時点で合ってないのではないかと思います。