私の一意見でございます。
こういう意見もあるんだな〜という程度で捉えて下さいませ。

スレ主様はとても几帳面な方だと見受けました。
当方も一人暮らしで、良く一人暮らしの友人の所へ遊びに行ったりもします。
もし、私の友人がスレ主様のように悩んでいるなら私は正直に伝えて欲しいです。

「片付け手伝って」
や
「ナプキンは汚物入れに入れっぱなりにするのが嫌だから捨てたら声をかけて欲しい。その日の夜には処分（ゴミ箱に入れたい）から」と、そんな感じのニュアンスで言って頂けたら…と思います。

汚物に関しては当方も上記のように伝えた所、それから向こうから言って頂けるようになりました。

人それぞれ几帳面になったり嫌な部分はあります。ですが伝えないとわからない事が多いと思いますので、スレ主様のお友達がどのような方かわからないのですが、嫌な理由や几帳面になる理由を話せば良いかと。

ちなみに当方は目に見えない部分は伝えて欲しいと思いますが、目に見える部分は極力自分で片付けをしようとします。

勝手に連絡もなく遊びに来た人は例外ですが、自分から家に誘った。家に遊びに来たいと言われ、それに了承した。
場合はどれだけ仲の良い友達でも「お客様」として見るからです。

あくまで当方の個人的な意見です。
スレ主様の気持ちを否定する気はありません。