あなたは店長に断りもなく商品を持ち帰ってたんですか？普通、そういうチェックがあると判ってるなら、必ず貰う前に報告すべきだと思いますが。仮に他の誰かがやってたとしてもです。
あなたのやってる事自体が常識外れに思えるので、疑われても自業自得だと思いますよ。