フラッシュではなく、環境光(部屋の明るさ)を明るくしましょう。卓上ライトなら、2様のおっしゃるようにイラストを立て、それ全体にまんべんなく光が当たるようにすると灰色系も上手く写ります。またコス写と同じで、外が明るい内に光を入れた部屋で撮ると綺麗に取りやすいです。
極力フラッシュは使わないように。フラッシュは特定の部分だけ反射することが多いです(でも逆にカラーのフラッシュで加工っぽく見せるのも面白いです)
あと撮影モードが指定出来るなら、文字モードにするとパッキリとしたラインに写ります。好みや絵のタッチにもよると思いますが、私は文字モード＋明るさを−１＋環境光を出来るだけ強く、と撮影してました。
少しでも参考になれば幸いです。