そういった複数落札の場合は、落札者さんに１品だけ『モバペイ』を選択、残りはすべて『代引き』を選択してもらってください。
お互いの手続きが終了したら、落札者さんにちょっと待っていただいて。
出品者さんが、モバペイの『金額修正』のところで、全品の合計＋送料(＋その他何かあれば)の金額に修正します。
それが終わったら落札者さんに『支払申込』を押していただいて、あとは普通のモバペイのお取引です。

私はこうしてますが、いかがでしょうか？