こういう事は良く有るケースだと思いますね。
なので、あまり気にするべき事では無いように思えます。
私も、現在は使っていないのですが、給与振込の口座を、関東地区在住ながらも四国に本店のある銀行の東京支店にした事があります。

でも、理由までは聞かなくても良いのでは無いでしょうか？
特に銀行や信用組合等、理由が無く『何と無く？』って方もいるし、『ある定期預金が面白かったから口座も作っちゃいました』って方もいるので、余計なお世話って気分を害する事も有りますからね。きちんと住所や電話番号を交換したなら、良いように感じました。