そもそもメールという手段自体が、時間を気にせずいつでも送れることが利点の通信手段です。
むしろトラフィックの少ない深夜帯にわざと送ることもあるくらいです。
ある時間から送られるのがいやなのならば、記事に●時以降はメールしないで下さいと書いておくべきですね。
もし書かれていたのならばその送った方が記事をちゃんと読んでいないだけなので返事はしなくていいと思いますよ。
ただもし書いていないのならば決してマナー無しとは言えないですし、それを理由にどうのというのはおかしいと思います。

一応自分も相手が携帯の時は夜12時以降はなるべく避けるようにはしていますが、それはマナーではなくて相手の善意によることなので、やはりそこまで嫌ならばきちんと書いておくべきだと思います。