「電車という乗り物が怖い」ではなく「また駅内で迷うかもと不安だ」ということでしたら。

各鉄道会社のホームページには、各駅内の地図（見取り図）を載せている所が多いです。
事前に「この駅の何番線に降りるから、こう行って何番線に乗る」とシュミレートしておくと安心できます。
必要であれば印刷して持っておくと便利ですよ。

また東京では殆どの駅で、要所要所に【現在地のマーク付きの案内板】や、
天井から【←A線　B線→】といった看板がありました。
私は地方在住なうえに方向感覚も鋭くない方なのですが、それらをこまめに確認して
「今自分がこの空間のどこにいるか」を考えながら行くと、多少迷ったとしてもパニックせずにすみました。

それと、やはりスレ主様ほどの症状でしたら医療機関の受診が必要だと思います。
「特定の経路に慣れたい」というだけでしたら何度かご家族に付き添ってもらって
確認しながら行ってみるというだけでも効果的なのですが…。