登録してしまったのならしょうがない、と言いたい所ですがおそらく架空請求でしょう。
サイトに登録する際の暗証番号とは、サイトにログインしたりする時のパスワードでしょうか？
それなら問題はないと思います。
私はauユーザーですので違うかもしれませんが、有料サイトの商品（着うたなど）を購入するためのパスワードでなければ大丈夫です。（有料情報を購入した際は携帯会社から請求がくるので）
ですので無視して構わないと思います。

それと、軽はずみに登録するのは避けた方がいいです。
夢小説サイトでパスワードをサイトに登録してから教えるというのは、大概お金目当てです。（紹介という形で登録させ、お金やポイントを手に入れるんだったと思います。）
今後はお気をつけ下さい。