追記

持込割引後の料金を請求するかどうかは自由だと思います。
確かに自分で持ち込めば手間がかかる分、足代としてもらっても問題ないと思います。
自分が値引いているからといって相手も同じとは限りません。
納得出来ないというなら、自分も割引前の金額を請求して差額をもらうか、集荷に来てもらえばいいだけの話です。