こんにちは、初めまして
まずストーカーには常識は通用しません、だから、行動も予測困難です。仮に相方様との関係を解消しても門題の解決にならないでしょう。
警察に相談しつつ自衛するしかありません。
自衛策としてはポストに鍵を掛ける、ドアを二重ロックにする、家の周囲に監視カメラ（ダミーでも可）を設置する、なるべく一人で外出しない、等などの方法があります、また、いよいよ身に危険を感じたら専門の警備会社、要するにボディーガードに相談する事をお薦めします。
また自分もある程度のアドバイスは出来ます。

自分を守りたいなら解消すればいいし、たかがメールで振り回されるかって思うなら今のままでいいかと。
しかし相方とストーカーの関係に関しては、貴方がここで相談することではないと思います。相方さんがそこまで言われても自己防衛してないのなら、それは相方さんに問題があると思います。正直、その二人の関係には貴方は首を突っ込まない方がいいですね。

首をつっこみたくなくても相方はとても近所でしかも昔からの仲なので放っておくことはできないのです…。しかしアドバイスありがとうございますm(__)m嫌がらせメールは相方よりも私にきます。泣

嫌がらせをしてくる相手にコスをやめたように見せ掛ける、というのが有効な場合もあります。
まずはメールアドレスを変更し、変更後のアドレスは本当に信用のおける友人以外には教えないようにします。これはストーカーへ情報が渡るのは高確立で友達からだからです。名刺やサイトなど不特定多数に見られるアドレスはもちろんサブアドにしておきます。嫌がらせメールは何かあった時の証拠になりますのでプリントアウトして保存しておきましょう。
携帯番号も変更すると有効です。こちらは当たり前ですが名刺などには絶対載せないように。
それからコスネーム・サイト名・サイトURLを変更します。コスネームは名字や読み仮名など、一切の痕跡を残さないように全く違う名前、かつ一般的な名前(検索したら100ヒットくらいするような)にしたほうがいいです。サイト名も同様に変更し、今のサイトはコスをやめるという理由を付けて閉鎖します。新しいサイトが出来ても知り合いはリンクしないように頼んだほうがいいでしょう。これは知り合いのサイトからリンクを辿って来るのを防ぐためです。ランキングサイトもなるべく登録しないようにして、登録する場合にも今まで登録していた所は避けるようにします。掲示板での宣伝も避けます。友達の写真をサイトに載せる場合は友達の名前をキーワードに検索される事もあるので検索避けするか載せないように…
それから、地元イベントへの参加は一切避け、遠征で活動します。サイトにも参加予定は書かないようにしましょう。
これでも万全とは言えませんが…私はこれくらいで相手が諦めてくれましたので参考までに。

それは、ストーカーされてる相方に問題あるんじゃないですか？要は三人でどうすればいいのか話し合うことです。結果、どうなるか分かりませんが、文章を読む限りじゃストーカーが付き纏わないでくれとなることが予想されます。
普通の人なら嫌われたと思って身を引くと思いますが、それでも身を引かないようでしたらシカトすればいいんです。
同じじゃないんですが、似たような例が自分にもあって、友達は逃亡してます。もう5年以上たちますが、迷惑してないです。