ニコニコムービーメーカーについて

ニコニコムービーメーカーをダウンロードし、所謂「歌ってみた」をやるべく支援サイトを通して歌詞･音･映像の入った動画をニコニコ動画からflv形式で保存しました。
ですが、ムービーメーカーで動画を開こうとするとエラーメッセージ（うろ覚えなのですが無効なファイルですや英語のメッセージなど）が表示され、開くことが出来ません。

ヘルプなどは一通り見たのですが、何が原因なのか、またどんなファイル形式なら対応しているのかなどが分かりません。
ニコニコ動画にアップされている動画を保存・編集する場合、ニコニコムービーメーカーを使用されている方はどうされているのでしょうか？

どなたかご存知でしたら教えて頂けないでしょうか。切実ですので早めにご返答頂けますと大変助かります。
宜しくお願い致します。

確か普通に開こうとするのではなく、映像のバーの所にファイルをドロップすれば再生出来た記憶があります。